故事舞臺是從東京都西部被分割出來、擁有230萬人口的巨大都市。由于其中約有八成都是學生，所以被稱為“學園都市”。“超能力開發”被列為學校課程的一部分。學生們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為6級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）。 故事的主人公上條當麻是名平凡的高中生，作為無能力者的他并非完全沒有能力，而是他名為“幻想殺手”的特殊能力能夠將一切異能（包括超能力和魔法）無效化。在宿舍陽臺上他遇見了一位純白修女。這位少女自稱“茵蒂克絲（Index）”，是從魔法世界逃了出來，現在正在被魔法師追..