《干支魂》是以十二生肖以及貓化的美少女們為故事主軸，描述擁有動物姿態、被干支神選上的使者“干支娘”們，將會透過每60年一次的干支神選拔賽“ETM 12”選出守護日本的神圣代表。而今年的她們為了成為干支神而聚集在秋葉原。在這之中，有位叫做“小喵”的貓型干支娘，因為跟老鼠的孽緣因而碰到連串悲慘際遇的她，究竟最后是否能如愿成為干支神呢？小喵與干支神們的日常戰斗生活就此展開！