《魔法先生 涅吉！白翼 ALA ALBA～》講述涅吉在魔法學園畢業，作為見習魔法使的修行而來到日本的麻帆良學園擔任女子初中部2年A組的班主任的故事。 經歷了第一季和第二季各種混亂事件后，涅吉和學生們迎來了最后一年的初中生活。新作的事件背景設置在漫畫版中升上初三，結束了修學旅行和學園祭之后，主要講述的是學生們的暑假生活。 這次等待著涅吉及31名少女的又是什么奇怪事件呢？