本作改編自大高忍原作的同名漫畫作品，故事發生在日本的戰國時代。曾經還是人類的世界因為突如其來的未知生命體“鬼神”而終結。威震八方的戰國武將悉數戰死沙場。但始終有人對“鬼神”的壓制性統治發起反抗，一直不懈地斗爭。他們就是人們口中的“武士團”。 受此影響，武藏和小次郎從小就對武士心懷憧憬，兩人約好長大后要一起組成最厲害的武士團為民除害。然而，在鬼怪的統治下，武士反被妖魔化，成為眾人唾棄的對象。