“東京決戰”一年后，布里塔尼亞少年魯路修在11區（原日本國）過著平凡的學生生活。但是，魯路修與弟弟羅洛的一次出行，遇到了黑色騎士團的余黨。在與少女C.C再次結成契約之后，塵封的記憶擺在了魯路修的面前。身為帝國王子的魯路修，為了建立人人平等的世界、讓妹妹娜娜麗幸福的世界，而使用GEASS，令人絕對服從的力量，帶領黑色騎士團向帝國宣戰。帶上假面化名ZERO的他，卻在一年前的“東京決戰”中被好友朱雀擊敗，被帝國皇帝抹去了記憶?，F在，恢復記憶的魯路修不僅要面對帝國的強大軍事力量，更要面對虛假的弟弟羅洛、失蹤的妹妹娜娜麗、不知敵友的中華聯盟、..